Historia czeskiej marki rozpoczęła się w dwóch miejscach w czasie i przestrzeni. Zakłady Skody zostały założone w Pilźnie w 1859 roku (nazwa pochodzi od Emila Skody, który w 1869 r. przejął te zakłady od hrabiego Arnosta Waldsteina będąc wcześniej na stanowisku kierowniczym w fabryce). Zakłady ewoluowały od przemysłu metalowego aż po zbrojeniowy
Skoda model 633 (1931 r.)
Skoda Popular 1101 (1946 r.)
Skoda 110R Coupé typ 718 K (1970 r.)
Zakłady ewoluowały od przemysłu metalowego aż po zbrojeniowy. W 1900 r., roku śmierci Skody, firma należy już do największych zakładów przemysłowych na terenie Austro-Węgier. Po I wojnie światowej do szerokiego asortymentu zakładów dołączają i samochody. W 1923 roku w tym celu następuje podpisanie umowy o współpracę z hiszpańską firmą Hispano-Suiza i już rok później zakłady w Pilźnie opuszczają pierwsze auta – Skoda 25/100 na licencji hiszpańskiej firmy.
Jednocześnie już w tym czasie działa inna firma wytwarzająca samochody – Laurin & Klement. Firma ta została założona w 1895 roku przez dwóch zapalonych rowerzystów o tym samym imieniu Vaclav - Laurina, będącego mechanikiem oraz Klementa pracującego w księgarni. Inicjatorem spółki, która początkowo zajmowała się naprawą a później też produkcją rowerów, był Klement, zdesperowany faktem, że nigdzie nie był w stanie naprawić kupionego przez siebie roweru firmy Seidel und Naumann. Rowery własnego pomysłu produkowane w fabryce w Mlada Boleslav nazwane zostały Slavia. Jeszcze w tym samym wieku, w 1899 r., fabrykę opuszcza pierwszy motocykl. I to właśnie za sprawą motocykli, które triumfują w wielu międzynarodowych wyścigach, pierwszy raz jest głośno o firmie L&K.
Wraz z początkiem XX wieku firma zwraca coraz większą uwagę na samochody. Już w 1901 roku powstaje pierwszy prototyp auta, jednak pierwszy seryjny samochód gotowy jest w 1905 roku. Nosi on nazwę Voiturette (franc. mały samochód) A i został wykonany w 44 egzemplarzach. Dwa lata później firma przekształca się w spółkę akcyjną, a do sprzedaży trafia model L&K F z 2,5-litrowym silnikiem o mocy 21 KM. Łączna produkcja roczna wynosi 250 egzemplarzy. Rok później powstaje wersja rajdowa tego modelu oraz mniejszy model G. Firma tworzy też jeden z pierwszych na świecie ośmiocylindrowych silników, poprzez połączenie dwóch jednostek 4-cylindrowych z modelu F. Powstają jednak tylko dwa takie silniki. Do czasu fuzji ze Skodą L&K wypuszczają jeszcze m.in. modele S i M, poza tym firma produkuje także ciężarówki, autobusy, silniki lotnicze, maszyny rolnicze, walce, w okresie I wojny światowej także uzbrojenie.
W latach dwudziestych firma Laurin & Klement zaczęła szukać strategicznego partnera. I ostatecznie w 1925 dochodzi do fuzji z koncernem Skoda z Pilzna. Po raz pierwszy auta z Mlada Boleslav zaprezentowane zostały ze znaczkiem Skody rok później na międzynarodowej wystawie samochodowej w Pradze. Jednym z pierwszych samochodów noszących nazwę Skoda jest roadster 150. Największy sukces rynkowy przed wybuchem drugiej wojny światowej odnosi model Popular, który ze względu na niską cenę jest adresowany do szerokiej klienteli. Uzyskanie niskiej ceny było możliwe m.in. dzięki zastosowaniu w 1930 r. rewolucyjnej jak na owe czasy metody produkcji opartej na liniach montażowych – co pozwalało wyprodukować dziennie ok. 85 aut. Przed wojną w sprzedaży pojawiły się jeszcze modele 636 (małe auto z sześciocylindrowym silnikiem), Rapid (auto z klasy średniej niższej z dość mocnym silnikiem), Favorit (duży sedan rodzinny), 640 Superb (auto luksusowe, po modernizacji już tylko Superb). Skoda Popular Sport odnosi w tym czasie sporo sukcesów w różnych rajdach (m.in. drugie miejsce w rajdzie Monte Carlo). Tuż przed samym wybuchem wojny powstaje Skoda Popular 995, określana przez samych Czechów jako Lizuska, co oznacza „lubiani ludzie”.
Podczas II wojny światowej zakłady Skody stały się częścią gospodarki III Rzeszy, produkcja została niemal w zupełności dostosowana do potrzeb militarnych. Fabryki Skody opuszczają m.in. gotowe skrzydła samolotów, silniki do ciągników, wały korbowe, koła zębate, magazynki oraz granaty artyleryjskie.
Po wojnie Skoda zostaje przekształcona w przedsiębiorstwo państwowe AZNP Mlada Boleslav (czes. Automobilove zavody narodny podnik), które jest monopolistą na rynku czechosłowackich aut osobowych. W 1946 r. wznowiona zostaje produkcja zmodernizowanego modelu Tudor (od ang. two door) (1101) o dwudrzwiowym nadwoziu, a dwa lata później wchodzi do sprzedaży wersja czterodrzwiowa (1102). Pojawiły się również inne wersje nadwoziowe tego modelu – coupe, roadster, limuzyna czy nawet furgon. Kolejnym modelem był 1200 (1952) z całkowicie stalową karoserią, który pojawił się później także w nieco zmienionych wersjach – 1201 (1956) i 1202 (1961). Jednak w tym czasie dużo większą popularnością cieszyły się modele 440, Octavia oraz Felicia. Skoda 440, nazywana też Skodą Spartak, wytwarzana była w latach 1955-59. Doczekała się też mocniejszej wersji (445) oraz kabrioleta (450). Znacznie większą popularnością nie tylko w Czechosłowacji cieszyła się Skoda Octavia, produkowana od 1959 r. Dostępna była w kilku wersjach – Super, Touring Super czy Combi. Podstawowa wersja w sprzedaży była tylko do 1964 r., ale np. już kombi wytwarzane było aż do 1971 r. W ciągu pierwszych pięciu lat sprzedaż Octavii wyniosła ok. 360 tys. egzemplarzy.
W 1964 roku Škoda wypuściła na rynek kolejny rodzinny samochód - model 1000 MB. Jego silnik znajdował się z tyłu - wykorzystano tutaj doświadczenia takich aut jak Renault 4 CV, Fiat 600 czy Porsche 356. Kolejne auta koncernu - modele 100, 110, 105, 120 i 130 - były budowane na bazie Škody 1000 MB. W tym samym czasie jednak prawie wszyscy producenci samochodów z Europy Zachodniej umieszczali silniki z przodu pojazdu.
W 1987 r., na wystawie w Brnie zaprezentowany został efekt współpracy z włoską firmą stylistyczną Carozzeria Stille Bertone, czyli model Favorit. Ci ciekawe, model ten w przeszłości pojawiał się już dwukrotnie (w latach 1936-38 oraz 40-41) Produkcja pięciodrzwiowej „Favoritki” ruszyła już w roku następnym, a od 1992 r. do sprzedaży trafiły także wersje pickup oraz kombi, nazwane Forman. Łączna produkcja tego modelu przekroczyła milion egzemplarzy i zakończyła się w 1994 roku, kiedy to zastąpił ją model Felicja.
Skoda Felicja była pierwszym modelem, w którym wykorzystano już technologię Volkswagena. Produkowana była od 1994 do 2001 roku, kiedy to zastąpiła ją Fabia. Łączna sprzedaż Felicji osiągnęła nieco ponad 915 tys. egzemplarzy, w tym także wersję dostawczą pickup. Octavia od 1996 r., Fabia od 1999, Superb od 2001.
Po upadku komunizmu została nawiązana współpraca z Volkswagenem. 16 kwietnia 1991 Volkswagen nabył 30% udziałów w firmie Skoda. Tym samym czeska firma dołączyła do grupy Volkswagena (już należały do niej wówczas także niemieckie Audi i hiszpański Seat). Następnie niemiecki koncern dokupił 40%, a w 2000 roku nabył pozostałe akcje i jest obecnie jedynym akcjonariuszem w czeskiej firmie.